Попал в Список всемирного наследия ЮНЕСКО в 2003 году. Практически вся территория заповедника состоит из своеобразных разрозненных участков, которые разительно отличаются по своим природным условиям. Так, здесь можно встретить: массивы горной тайги; высокогорья с альпийскими лугами, горными тундрами, вечными снегами и небольшими ледниками; небольшие по площади песчаные пустыни, а также степные и лесостепные участки. То есть Убсунурская котловина – тот уникальный природный объект, где на небольшой территории можно встретить такие контрастные ландшафты. Вторая по значимости ценность котловины – видовое разнообразие флоры и фауны. Здесь можно встретить уникальнейшие сочетания южных и северных животных и растений. На территории проживают и достаточно редкие виды представителей животного царства: горный баран аргали, снежный барс. А третья особенность заповедника заключается в том, что здесь некогда обнаружили памятники культурного наследия: каменные изваяния, наскальные рисунки и древние захоронения.
